Certes l’enseignement dans le degré différencié ne vise pas l’acquisition exclusive des compétences et savoirs du primaire. En pratique, la réussite du CEB reste pour beaucoup le principal (voire l’unique) objectif de sorte que les savoirs spécifiques au secondaire y sont abordés de manière limitée. Les enseigner peut en effet mener à une dispersion dans les objectifs à atteindre et compromettre, paradoxalement, les chances de réussite aux épreuves externes du CEB.
Le système est particulièrement complexe. Il aboutit surtout à des parcours qui peuvent manquer de cohérence et de continuité dans certains cas.